Terdapat beberapa pengetua pernah berkhidmat di SMNDC. Pada awalnya jawatan pengetua hanya disandang oleh biarawati sahaja tetapi apabila pihak kementerian memerlukan seseorang yang berkelayakan menjawat jawatan pengetua, maka mulai tahun 1989 jawatan pengetua mula disandang oleh guru biasa yang berkelayakan dan bukan lagi disandang oleh biarawati lagi apabila sistem pendidikan Malaysia mula menerajui satu era yang baru..

Pengetua pertama SMNDC ialah Sister Marie Angele Pang. Beliau berkhidmat dari tahun 1960 sehingga tahun 1965. Selepas itu Sister Cyr Chong pula mengambil-alih tanggungjawab sebagai pengetua. Sister Cyr Chong telah memegang jawatan pengetua dari tahun 1965 sehingga tahun 1989. Selama 24 tahun ini beliau telah banyak menaburkan jasa di sekolah ini. Beliau sentiasa mengambil berat tentang kebajikan pelajar-pelajar dan guru-guru sekolah ini. Di samping itu beliau sentiasa bekerjasama dengan pihak gereja dan kementerian pendidikan untuk memastikan segala kemudahan sekolah adalah mencukupi. Ini menunjukkan bahawa pada masa itu , pihak gereja masih memainkan peranan yang penting dalam usaha menjayakan perjalanan sekolah ini.

Selepas Sister Cyr Chong bersara, bekas guru sekolah ini Puan Chan Swee Yen telah dilantik sebagai pengetua baru. Puan Chan berkhidmat sebagai pengetua di sekolah ini dari tahun 1989 sehingga 1994. Puan Chan banyak mengadakan aktiviti-aktiviti untuk memungut derma dari masyarakat umum untuk pembangunan sekolah.

Pada tahun 1994, Cik Alice Wee Siew Eng pula menjadi pengetua SMNDC yang baru apabila Puan Chan Swee Yen telah naik pangkat dan bertukar ke Sekolah Menengah Yok Bin, Melaka. Cik Alice Wee Siew Eng hanya berkhidmat beberapa bulan sahaja di sekolah ini. Apabila beliau ditukarkan ke Sekolah Menengah Seri Tanjung, Puan Teh Soo Hoon pula dilantik menjadi pengetua SMNDC pada tahun 1996 hingga sekarang. Lihat Carta Organisasi Sekolah yang dilampirkan untuk memperolehi gambaran jelas tentang sistem pentadbiran SMNDC